Tips: スペクトルが表示されない場合の対処法について

Q. サイズが1GBを超えるようなMSデータ(mzML)を開こうとすると、スペクトルが表示されない場合があります。[ver.4α, β]

A.

このような場合、まず、1GB未満のMSデータ（例えば、ProteoWizard から配布されているsmall.pwiz.1.1.mzML）を開くことが可能か確認してください。スペクトルが表示できる場合は、Mass++が確保可能なメモリサイズ（ヒープサイズ）の上限値が、目的のMSデータを読み込むには不充分であると思われます。

もし、お使いのPCのメモリに余裕があり、Mass++にもっと大きくメモリを割り当てても問題ない場合は、ヒープサイズの上限値を下記の方法で大きくすることにより、スペクトルを表示できる可能性があります。下記の内容を実施後、Mass++を再起動し、問題のMSデータをMass++から削除、インポートし直してから表示してください。

・Windowsの場合

C:\Program Files\mspp4\mspp4.batに記載の-Xmxオプションの設定値を適切なサイズに変更してください。例えば、8GBにしたい場合は、下記の通り変更してください。（書き換えに管理者権限を要求された場合は、管理者として書き換えてください。）

“C:\Program Files\mspp4\jre8\bin\java.exe” -Xms1024m -Xmx8g -jar “C:\Program Files\mspp4\mspp-4.0.0_beta.jar”

・macOSとLinuxの場合

Mass++.cfgファイルの [JVMOptions]セクションの-Xmxオプションの設定値を適切なサイズに変更してください。例えば、8GBにしたい場合は、下記の通り変更してください。

[JVMOptions]

-Xmx8g

Mass++.cfg の置き場所は、以下の通りです。

macOS: アプリケーションフォルダ(Mass++.app)/Contents/Java/Mass++.cfg  (Finder上でアプリケーションを選択した上で、右クリックでコンテキストメニューを開き「パッケージの内容を表示」(“Show Package Contents”)を選ぶと、アプリケーションフォルダの中身をFinderで扱うことができます。)

Linux: /opt/Mass++/app/Mass++.cfg   (Mass++.cfgの書き換えには管理者権限が必要です。)