2017年のMass++プロジェクト

皆様、明けま

…やめます＿|￣|○

2017年の開発実績

…といっても、表面的には2017年は殆ど何も進んでおりません。昨年リリースの予定だった、従来版Mass++の最終形ver.3については、作成は概ね完了したものの、内部データベース周りがほぼ“全滅”（正常に動作しない状態）だったため（おそらくライブラリのバージョン不整合などが原因？）、「リリースすると却って混乱を招く」と判断し、現在もリリースを見合わせています。
この結果、プラグインの修正も立ち往生しています（とほほ。

＃「ver.3」という名前のリリースは、今後どうなってしまうんでしょうか…

Mass++自体には依然として需要があり、OSDN（旧・日本版Sourceforge）のMass++サイトを参照すると、現在も安定してver.2.7.5のダウンロードは続いています（1年間に860件程度）。

またMass++論文（2014年）の引用ベースで見ると、今までにWeb of Scienceでカウントされている引用数は17本ですが、うち9本が2017年の引用（2016年3本、2015年4本、2014年1本）で、むしろ引用数は拡大しています（「1年後以降」の3年間で16本なので年間平均被引用回数は5を超えることになり、この値(5.3)はJournal of Proteome ResearchのImpact Factorを超えています）。
またこの2017年の9本の論文の掲載ジャーナルは、新しいものから順にNature, Scientific Reports, Proteomes, Expert Systems with Applications, Mass Spectrometry Reviews, Gigascience, Plant Journal, Journal of Mass Spectrometry, Current Opinion in Biotechnologyと、錚々たるジャーナルが並んでいます。

このように、Mass++自体はまだ“賞味期限切れ”ではない、と我々は判断しています。
しかしver.2.7.5からはファイルI/O機能が削除されているため、rawファイルを扱いたい場合はこちらではなくver.2.7.4（島津版）をダウンロードする必要があり、ユーザーにも大いに不便を強いる状態になっています。2016年中はそれでも、ver.2.7.5を基に外部ソフトウェアを利用する形での開発を行ってきましたが、それもほぼ限界ということで、（UNIXにも対応する）ver.4に早々に移行するべきだ、という結論になりました。

＃だからあの、ver.3は…

そこで、一部の開発メンバーで2月に”自主的”開発ハッカソンを行い、ver.4開発の準備検討を行いました（https://osdn.net/projects/mspp/wiki/ver4%E9%96%8B%E7%99%BA）。

＃ちなみに、このハッカソンを和倉温泉でやったことは公然の秘密だ

＃温泉でやったために、どうやっても出張扱いにならない（交通費も宿泊費も全て自腹）のは当然の話だ…＿|￣|○

この段階では仕様の最終決定には至らず、更に半年以上調査を続けましたが、昨年11月26日～12月1日に行われた、JSBi質量分析インフォマティクス研究会による「質量分析インフォマティクス・ハッカソン」（DBCLSによる「国内版バイオハッカソンBH17.11」と共同開催）に複数メンバーが参加し、ここで仕様の全面的な改訂と目標の再検討を行って、最終的な仕様を確定しました。操作性などがver.2.7.5などと大きく変わらないような実装にする予定です。

ということで現在、この最終仕様に基づいて、コーディングが始まっています（久々の新版開発！！）。開発言語はJavaで（OSDNのページにある、当初案の「Pythonでの開発」は結局ボツになりました）、Windows/Mac/Linuxを問わず動きます（動く筈です）。
開発に関心のある方は是非、ご参加ください！（開発にはコーディング以外の作業もあります。かくいうアタクシもJavaは書けません）

＃まぁ要するに、「ちゃんと動かないものをfixする労力に比べたら、新しい仕様で書き直す方が楽だ」ということっすね

2017年は当初、日本質量分析学会(MSSJ)でのポスター発表を予定しておりましたが、発表形式について学会と合意に至らなかったため（なんだそれ？！）、参加を見合わせることにしました。

一方、日本バイオインフォマティクス学会(JSBi)の年会を兼ねる「生命医薬情報学連合大会(IIBMP2017)」では、主力開発者＆ユーザー会代表の田中聡が「質量分析を取り巻くソフトウェアの現状」と題して講演を行いました（BoFセッション「質量分析とケモインフォマティクスの実りある連携」中の演題）。

上に述べたように、2018年の最優先課題は、今までの開発上の問題を一気にクリアするための「ver.4の開発」です。ver.4は「軽いビューアー」を目指しており、最終的には過去のバージョン（ver.2.7.5）のプラグインなどを「外部ソフトウェア」として実行できるようにすることを目論んでいます。

＃あ、あの、そうするとver.3の存在価値がいよいよ…

こういう開発はマイルストーンがないと止まりがちですが、今回は米質量分析学会(ASMS)でのポスター発表が決まっている（6月7日、サンディエゴ）ため、死ぬ気で開発することになるでしょう（はははは…

ちなみに、死ぬ気で開発するために、（少なくとも）6月までは毎月「自主ハッカソン」を開いて、開発者が顔を突き合わせてコーディングを進めることにしています。うち何回かは温泉でやります（おい…(‘A`)）。

なおver.4についての発表としてはASMS以外にも、質量分析インフォマティクス研究会と日本環境化学会が「共同開催セッション」として行うワークショップ「環境化学を加速する質量分析インフォマティクス」に於いても、同じく田中聡が「Mass++ ver. 4: オープンソース質量分析データビューア開発の現状と今後の展望（仮題）」と題した講演を行う予定です、が、（沖縄在住の方以外にとっては）那覇は遠いかな…